En agosto de 1966, siendo director de la Facultad de Medicina el Dr. Carlos Campillo Sáinz, se estableció la Secretaría Auxiliar del Personal Docente, integrada por tres secciones: de selección de personal, formación de profesores y pedagogía médica; una de sus primeras responsabilidades fue aplicar una metodología para la planeación y evaluación del proceso enseñanza – aprendizaje por medio de técnicas didácticas eficaces que apoyaran el desempeño docente. Su primer titular fue el Dr. Juan Álvarez Tostado.

Para 1968 se le denomina Secretaría Auxiliar de Educación Médica, posteriormente y hasta la fecha se le nombra Secretaría de Educación Médica.

La Secretaría de Educación Médica tiene como propósito contribuir al cumplimiento de la misión, la visión y los objetivos de la Facultad de Medicina a través de la planeación y evaluación de la educación que en ella se imparte y el desarrollo de investigación educativa, cuyos resultados permiten establecer programas de desarrollo académico, dirigido tanto a alumnos como a profesores, y así fortalecer la calidad de la educación médica.